Pondok Pesantren Afaada didirikan sekaligus diasuh oleh K.H. Dr. Mu’tashim Billah, M. Pd. I. Beliau sekaligus pengasuh Pondok Pesantren Sunan Pandanaran Yogyakarta. Dalam menjalankan tugas-tugas keseharian di Pesantren Afaada, beliau menunjuk beberapa orang santri untuk membantu menjalankan tugas harian yang bertanggung jawab langsung kepadanya, diantaranya:
- Fathan Budiman
Kepala Bidang Humas dan Sosial - Ahmad Lutfi, S. Sos.
Kepala Sekolah SMP & SMA - Mudhofir, S. Ag.
Kepala Harian Pesantren