Pondok Pesantren Afaada merupakan salah satu unit lembaga cabang milik Yayasan Pondok pesantren Sunan Pandanaran (Candi, Sardonoharjo, Ngaglik, Sleman, Yogyakarta). Beridiri sejak 26 Januari 2016 di atas tanah wakaf dari H. Paryoko. Salah satu tokoh di dusun Bakalan, Tanduk, Ampel, Boyolali. Pondok Pesantren Afaada didirikan oleh K.H. Dr. Mu’tashim Billah, M. Pd. I.
Pada tahun pertama, program pendidikan yang dibuka di Pesantren Afaada hanya pendidikan Tahfidz al-Qur’an dan Madrasah Diniyah. Jumlah santri yang mukin dan belajar di pesantren berjumlah lebih kurang 40 santri dan tiga ustadz pendamping. Sesuai instruksi pengasuh, tahun kedua Pesantren Afaada mulai merintis pendirian lembaga pendidikan formal. Rencana tersebut alhamulilah terealisasi pada tahun pelajaran 2017/2018.
Pada 15 Juli 2017 SMP Pesantren Afaada mulai resmi dibuka. Dengan jumlah santri angkatan pertama sebanyak 43 santri. Tahun kedua dan ketiga, jumlah santri yang belajar di SMP Pesantren Afaada selalu meningkat. Saat ini santri yang tercatat mukim di pesantren berjumlah 384 santri, dengan 60 guru dan pengurus.
Tahun pelajaran 2020/2021, Pondok Pesantren Afaada juga membuka jenjang pendidikan baru tingkat SMA. Saat ini, untuk jenjang SMA sudah memasuki tahun kedua.